Доброго времени! скажите, а если на курсе такие темы php как шаблонизация кода????

Вы про паттерны/шаблоны проектирования (design pattern) или про MVC?

Если про MVC (Model - View - Controller) - такие темы поднимаются и на этом шаблоне делается весь сайт.

В этом курсе:

/ru/courses/codeigniter-mvc/