В общем весь смысл в том, чтобы apache при заходе на сайт смотрел не в корневую папку и читал index.php корневой, а чтобы смотрел в frontend/web/ или в backend/web/
Это должно помочь:
https://timeweb.com/ru/help/display/DOC/Yii
Или в корне папки где будет лежать yii2 можно файл разместить в корне .htaccess с содержимым:
RewriteEngine On
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/(backend/web|admin)
RewriteRule !^frontend/web /frontend/web%{REQUEST_URI} [L]
RewriteCond %{REQUEST_URI} ^/admin$
RewriteRule ^admin /backend/web/index.php [L]
RewriteCond %{REQUEST_URI} ^/admin
RewriteRule ^admin(.*) /backend/web$1 [L]
Помню тоже этим вопросом задавался, когда размещал свой сайт на yii2 в таймвебе, потом купил там же vds-ку и вручную веб сервер настроил для yii2.
Кстати можно попробовать им в поддержку написать, если не понятны инструкции, думаю, что помогут.